Депозитарий установил и поддерживает корреспондентские отношения по ценным бумагам с ведущими расчетными депозитариями: Clearstream Banking S.A. (международная расчетно-клиринговая система), Небанковская кредитная организация закрытое акционерное общество «Национальный расчетный депозитарий, ЗАО «Депозитарно-клиринговая компания», ОАО «Банк Внешней торговли», что позволяет осуществляет централизованный учет практически всех финансовых инструментов, обращающихся на фондовом рынке. Указанные обстоятельства приводят к значительному сокращению издержек клиентов Банка по проведению операций с ценными бумагами. Депозитарий Банка придает большое значение расширению сети счетов номинального держателя в компаниях-регистраторах и на настоящий момент времени имеет более 150 счетов номинального держателя в более чем 50 компаниях-регистраторах и депозитариях.
Перечень междепозитарных счетов ОАО Банк Зенит в расчетных депозитариях.
| Наименование эмитента | Наименование регистратора (депозитария) | Номер счета |
| по всем обслуживаемым выпускам ценных бумаг | Clearstream Banking S.A. (клиринговый счет) | 82301 |
| по всем обслуживаемым выпускам ценных бумаг | Внешторгбанк (счет депо) | 1141 |
| по всем обслуживаемым выпускам ценных бумаг | ЗАО «Депозитарно-Клиринговая Компания» (счет депо) | 1721 |
| по всем обслуживаемым выпускам ценных бумаг | НП «Национальный депозитарный центр» (счет депо) | ML960705119А |